Pilonidal sinüs hastalığının tedavisi ameliyattır. Birkaç çeşit ameliyat yöntemi vardır.
1- Eksizyon + Primer sütür : Bu yöntemde hastalıklı kistik bölge, yapılan eliptik bir kesi ile üzerindeki cildi de içerecek şekilde en alttaki kemik dokuya kadar tamamen çıkartılır (eksizyon). Daha sonra oluşan boşluk dikilerek kapatılır (primer sütür). Genellikle küçük ve enfekte olmamış kistlerde tercih edilir. İyleşme süresi yaklaşık 2 hafta kadardır. İyleşme süresinin bir sonraki yönteme göre kısa olması avantajıdır, fakat dezavantajı nüks ihtimalinin bir sonraki yönteme göre daha fazla olmasıdır.
2- Eksizyon + Sekonder iyleşme: Bu yöntemde tıpkı yukardaki yöntemdeki gibi kist tamamen çıkartılır. Fakat oluşan boşluk dikilerek kapatılmaz, açık bırakılır, bu boşluğun kendi kendine dolması beklenir (sekonder iyleşme). Hastaya belli aralıklarla pansuman yapılarak bu süreç tamamlanır ve sonunda yara kapanmış olur. Genellikle büyük ve enfekte kistlerde tercih edilen bir yöntemdir. İyleşme süresi ortalama 8-10 hafta kadardır. Bu sürenin daha uzun olması bu yöntemin dezavantajıdır. Fakat nüks oranı ilk yönteme göre çok daha azdır.
3- Eksizyon + Flep yöntemi: İlk iki yöntemdeki gibi hastalıklı bölge aynı şekilde çıkartıldıktan sonra, oluşan boşluk etraf sağlam dokulardan cilt-cilt altını içerecek şekilde bir doku parçasının serbestleştirilip bu boşluğun içine yerleştirilmesi (flep çevirme) ile kapatılır. Eğer çevrilen flepin kanlanmasında bir problem olmaz ise bu yöntemde de iyleşme 2 hafta kadar sürer. Daha sonra bir süre daha takip gerekir. Nüks oranı flebin beslenmesi ile doğru orantılıdır.